El procés bàsic d'operació d'una fresadora CNC inclou normalment l'encesa, el retorn al punt de referència, l'entrada del programa, la subjecció de la peça, la configuració d'eines, el mecanitzat i l'apagada. Durant el funcionament s'han de seguir els procediments operatius de seguretat, com ara la roba adequada i l'ús correcte del botó d'aturada d'emergència.
El panell d'operacions del sistema CNC sol estar format per un monitor CRT, un panell MDI i un panell de control de màquina-eina. La programació és una habilitat essencial per operar una fresadora CNC, que implica una programació manual i automàtica.
A les màquines-eina CNC, com els centres de mecanitzat, el fresat per pujada s'ha convertit en el mètode de tall estàndard-de la indústria a causa de la seva vida útil més llarga i de la seva menor vibració.
La selecció dels paràmetres de tall ha de seguir uns principis: el desbast té com a objectiu alts índexs d'eliminació de metalls, mentre que l'acabat té com a objectiu una alta qualitat superficial. Els paràmetres clau com ara la velocitat de tall Vc i la velocitat d'alimentació de la taula F es poden calcular mitjançant fórmules.